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補完課題を実施する機関の実施概要

独立行政法人理化学研究所

「植物オミックス情報および蛋白質構造情報」

補完課題を実施する機関事業実施概要(理化学研究所)

理化学研究所の生命情報基盤研究部門において、シロイヌナズナ由来の様々なオミックスデータにアノテーション情報を付加して統合化します。また、理研がタンパク3000プロジェクト等で解明したタンパク質構造データおよび付随する実験データに、キュレーションやアノテーションを行い統合化します。平成22年度までには統合データベースの一部として生命科学分野の幅広い研究者に貢献する体制を確立し、将来的に理研の他のデータベースも統合化してくための基盤をつくります。


独立行政法人産業技術総合研究所

「糖鎖修飾情報とその構造解析データの統合」

補完課題を実施する機関事業実施概要(産業技術総合研究所)

日本糖鎖科学コンソーシアムの活動の一環として、国内に散在する糖鎖関連データベースを可能な限り集約し、糖鎖関連の研究に役立つ統合データベースを構築します。データベースを統合することは本来の目的ですが、それ以上に高度な機能を備えた研究支援型のポータルサイトを公開していきます。


大学共同利用法人情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

「塩基配列アーカイブのデータベース構築と統合への貢献」

補完課題を実施する機関事業実施概要(遺伝学研究所)

各種生物の遺伝子やゲノムの塩基配列を決定するいわゆるシーケンシングセンターにおいてはその配列決定の原データになる波形データなどのいわゆるアーカイブ(Trace archive; 以下Traceデ-タという。)を有しています。このTraceデータは、品質管理やそれを基にして行う配列決定アルゴリズムの改良ならびに配列断片を連結するアセンブリにおいて大変重要で貴重な情報です。そして、これらのTraceデータは、シーケンシングセンターの活動がその支持母体のプロジェクトの完了とともに終了すると、原則的には完全に消滅してしまう可能性が極めて高い状況にあります。Traceデータの量は飛躍的に巨大化してきており、シーケンシングセンター自身でもそのデータハンドリングを含めて保存はもちろんのこと対処が非常に困難な状況になっています。この状況の理解の下、わが国における塩基配列決定におけるTraceデータの保存と有効利用を目的として、当機関である情報・システム研究機構国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センターのDDBJが、Traceデータのデータベース構築とデータ提供の業務を実施し、統合データベースセンターへのデータ提供や連携も可能にします。そして最も重要なことに、このデータベースセンターを統合データベースセンターに提供するに際し、統合データベースが必要とする基本的なアノテーションの実施やソフトウエアの開発を連携して行うものです。


国立大学法人九州工業大学

「生体分子の熱力学データと構造データの統合」

補完課題を実施する機関事業実施概要(九州工業大学)

生体分子の機能を理解する上で重要な情報のひとつである熱力学データを文献から網羅的に収集し、対応する構造データと統合します。これにより、生体分子の機能解析、疾病の分子メカニズムの解明、医薬品の開発などの研究を促進することをめざします。